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Qual tipo de dado interessa para o OBIS? Qual é o sistema de controle de qualidade posto aos dados? Por que alguns pontos caem em terra? O OBIS irá me pagar pelo meu banco de dados? Quem tem os direitos de propriedade intelectual sobre os dados? Como serão citados/creditados meus dados no OBIS? Como eu faço para contribuir com dados para o OBIS? O que eu faço se tiver dados sensíveis e que não devem ser, abertamente acessíveis? Se eu quiser contribuir com dados para o Sistema OBIS, o que eu devo fazer? O que é o esquema de dados do OBIS? O Esquema do OBIS é compatível com o padrão Darwin Core? O esquema do OBIS tem muitos campos, é muito difícil completar todos eles? Eu preciso usar os mesmos campos de nomes em meu banco de dados como no esquema do OBIS? O que você quer dizer com os termos "coletados" e "observados"? Tipo de dados do esquema do OBIS Sobre disponibilização dos dados Como eu faço para começar a criação de um banco de dados? Eu necessito usar um banco de dados relacional? Qual base de dados relacional eu devo usar, seu eu usar um banco de dados relacional? Sobre os dadosOnde o OBIS obtém seus dados?O OBIS publica dados de cientistas de agências governamentais, museus, universidades, companhias comerciais e organizações não governamentais (ONGs). O OBIS está sempre em busca de novos contribuidores. Qual tipo de dado é interessante no OBIS?O OBIS é um sistema de informações biogeográficas marinhas, significando que nós concentramos nas séries de dados que registram certa espécie (ou grupos taxonômicos mais elevados) de determinadas posições marinhas. Atualmente, nós podemos somente obter informações de onde as posições são registradas como latitude e a longitude e não com os nomes dos lugares. Nosso foco é altos níveis taxonômicos, assim as séries de dados onde os organismos foram identificados por profissionais ou por biólogos treinados é a nossa prioridade. Em um futuro próximo, nós estaremos expandindo para abranger grupos de dados ambientais (ex. cobertura física, parâmetros químicos e geológicos) os quais são relevantes para entender a distribuição das espécies. Desta maneira, nós estamos interessados em ouvir os potenciais contribuidores destes bancos de dados, e seu contato será bem vindo, mas ainda estamos em implementação destas facilidades. Que sistema de controle de qualidade está colocado para os dados?Os dados publicados através do OBIS devem vir de fontes confiáveis e respeitáveis. Os cientistas e instituições responsáveis pela coleção e gestão dos dados são claramente nomeados. Antes da publicação, os dados devem passar através de uma série de controles técnicos descritos abaixo e estes são repetidos todas as vezes que dados são inseridos de suas fontes. Quaisquer erros, como erros de digitação em nomes de espécies, nomes não reconhecidos no OBIS e possíveis erros de mapeamento são reportados para o provedor dos dados para revisão e se necessário, corrigidos. Assim na próxima vez que os dados forem publicados eles estarão mais corretos e a qualidade da fonte de série de dados também será acrescida. O uso dos dados é método muito importante de encontrar reais e possíveis erros nos dados. Usuários podem contatar a fonte dos dados diretamente ou o OBIS com os seguintes tópicos. O protocolo do Controle de Qualidade do OBIS é como se segue:
Por que alguns pontos caem em terra?Quando os dados são plotados no mapa são perceptíveis que alguns pontos caem em terra. Apesar que isso possa ser um verdadeiro engano (o qual nós ficaremos extremamente gratos se puder nos informar!), na maioria dos casos isso é proposital e uma das conseqüências do método de extração de dados da literatura. Algumas vezes, os dados chegam ao OBIS sem uma precisa georeferenciação incluindo um par de latitude/longitude, mas sim com o nome de um local. Se este local é muito grande, este não é sempre simples para determinar esta observação em um ponto local que caia no oceano. Isto é especialmente verdadeiro para países que tem sua costa muito recortada com diferentes mares e oceanos. Imagine uma espécie registrada para os EUA, este não é um método coerente para decidir em qual oceano será posta a observação, pois as costas dos EUA são banhadas por dois vastos oceanos. Também não é um método certo que uma observação para os EUA signifique que a espécie ocorra em ambos os Oceanos Pacífico e Atlântico. Assim, nós conseqüentemente plotamos o ponto representando como uma observação em um único lugar. Como conseqüencia, colocamos este no meio dos EUA o que obviamente é terra. O OBIS irá pagar pelo meu banco de dados?Não, o OBIS não paga pelos dados. Este é apenas um grupo de contribuintes de dados que concedem a disponibilização de seus dados através do portal central para tornar estes mais acessíveis. Contudo, nós provavelmente estamos aptos para fazer sugestões de locais onde você pode submeter propostas de financiamentos para o desenvolvimento de bancos de dados ou para a digitalização de bancos de dados existentes. Quem tem os direitos de propriedade intelectual sobre os dados?O OBIS não reinvidica nenhuma posse e nem reinvidica direitos autorais dos dados que disponibiliza. Todos os direitos são mantidos com você. Você pode decidir retirar ou restringir seus dados no OBIS a qualquer tempo. Isto é verdadeiro se você disponibilizar seus dados por si como um nodo do OBIS, ou se você colocar sua série de dados na central do portal OBIS para disponibilizar. Como serão citados/creditados meus dados no OBIS?Todos os dados disponibilizados através do portal OBIS são nomeados com a organização e a base de dados do qual foi obtido. Os usuários devem citar a fonte de dados do OBIS quando a utilizam em seus trabalhos, da mesma forma que a convencional impressa (veja Como eu cito...?). Como eu faço para contribuir com dados para o OBIS?Existem dois modos para disponibilização de dados através do sistema do OBIS:
Que escolha é correta para você depende se você está interessado em manter seu próprio usuário, e também se você espera fazer atualizações regulares à série de dados. O OBIS prefere grupos para serem contribuidores de dados distribuídos, pois nós pensando que é melhor para o contribuinte de dados, pois é quem sabe melhor sobre a série de dados para mantê-los. Desta maneira você pode adicionar dados, fazer correções, etc. mais facilmente. Contudo para grupos não capazes ou prontos para estabelecer um servidor, nós ficamos felizes em hospedar os dados no portal. Em ambos os casos os dados lhe serão creditados. O que eu faço se tiver dados vulneráveis e que não devem ser acessíveis abertamente?Uma resposta direta é que o OBIS é comprometido com o livre, aberto e público acesso aos dados assim, se você tem dados vulneráveis provavelmente não gostaria de disponibilizar estes através do OBIS(ou qualquer outra publicação). Contudo, existem algumas particulares que nós poderemos ajudar. Por exemplo, se você está preocupado com relação a dar a localidade precisa de uma espécie rara ou comercial, nós poderemos representar seus dados em baixa resolução espacial, ou dar uma caixa de limitações ao invés de uma posição de informação pontual. Ainda assim, se você tiver dados que gostaria de disponibilizar mas preferiria esperar até a publicação, nós poderemos ajudar você a inserir seu banco de dados apropriadamente agora, mas concordando em não disponibilizar estes dados por um determinado tempo. Se eu quiser contribuir com dados para o Sistema OBIS, o que eu devo fazer?Por favor, leia as informações sobre o OBIS no website e contate um Diretor Executivo do OBIS. Esquema de Dados e metadadosO que é o Esquema do OBIS?O esquema do OBIS é uma lista de campos de dados com nomes, descrições e notas. Isto é uma extensão do programa Darwin Core Version 2 standard. Quando o portal do OBIS envia um pedido para seus contribuidores de dados distribuídos, o portal pedirá dados usando estes campos e necessita ter dados de retorno usando estes campos. O programa DiGIR fornece a programação para rodar uma pergunta do OBIS em uma busca em sua base de dados particular, mas a fim de instalar o DiGIR você necessita "traçar" os campos do esquema do OBIS aos campos de sua base de dados. Baixe os seguintes arquivos para mais detalhes.
O que é o DiGIR?O DiGIR é o programa de comunicação do OBIS com seus contribuidores de dados distribuídos - definindo como os dados são compartilhados . Quando um usuário do portal do OBIS envia uma pesquisa ( como: "todas as localidades onde o peixe, Beryx splendens, já foi encontrado"), o DiGIR libera o portal para enviar a pesquisa para os contribuidores de dados. Assim os contribuidores de dados traduzem a pesquisa em sua busca na base de dados locais e enviam os dados de volta para o OBIS. Mais informações sobre o DiGIR podem ser encontrados em http://digir.sourceforge.net. Por favor entrar em contato com o OBIS antes de instalar o programa DIGIR para ter certeza de que a versão utilizada é compatível e de ter os detalhes da configuração do OBIS. O Esquema do OBIS é compatível com o padrão Darwin Core?Sim. O esquema do OBIS foi construído como uma extensão do Darwin Core Version 2 Standard ( http://speciesanalyst.net/docs/dwc/index.html). O Darwin Core é um padrão que é usado pela Global Biodiversity Information Facility e várias redes de coleções de museus. Assim este contém todos os campos do Darwin Core com os mesmos nomes. O esquema do OBIS também contém alguns campos adicionais para reter algumas informações que o Darwin Core não suporta. Assim, se você executar o esquema do OBIS em sua base de dados, você será integrado com o padrão Darwin Core e o padrão OBIS. O esquema do OBIS tem muitos campos, é muito difícil completar todos eles?Pense no esquema do OBIS como um menu de opções. Neste existem apenas quatro campos que são obrigatórios para ser compatível (latitude, longitude, nome taxonômico e data/hora da última modificação). Para todos os outros campos você apenas precisa incluir o dado se assim você o tiver em seu banco de dados. Se você não planejou manter um tipo específico de informação, você pode deixar isso fora de seu banco de dados. Entretanto, se você incluir um tipo de informação que é coberto pelo esquema do OBIS, você deve representá-lo como descrito no esquema do OBIS. Eu preciso usar os mesmos campos de nomes em meu banco de dados como no esquema do OBIS?Não, você pode usar qualquer nome que você quiser. Quando você implementar o DiGIR, este irá pedir para você entrar com os campos que são relativos aos campos do esquema do OBIS. Você deve manter-se a par deste e certificar-se de que há como traçar cada um dos campos no esquema do OBIS em sua base de dados e de que você usa o formato requerido para campo. Por exemplo, devido ao esquema do OBIS ter campos separados para o dia, mês e ano do registro, é melhor manter estes em três campos separados e não em um único campo de data (ou pelo menos para ter um plano para que como se separe as partes para servir ao OBIS). Note que a maioria dos programas de bancos de dados irá permitir que você faça operações automáticas nos campos. Você deve preferir entrar com suas informações de localização com graus e minutos para a latitude e a longitude como uma alternativa de graus decimais. Isto é bom, pois irá ser mais fácil para você criar uma imagem do banco de dados com um campo de latitude em graus decimais calculados dos (graus de latitude + (minutos da latitude /60)). Pode ser mais fácil para você executar o DiGIR criando uma "imagem" de tabela em seu banco de dados que tem todos os campos do esquema do OBIS em uma tabela. Você pode ter tabelas separadas para "nome de espécies", "observações" etc., mas pode criar uma imagem virtual o que faz a interligação necessária para as pesquisas do OBIS. Você pode também fazer qualquer reformulação (tal como os graus da latitude e os minutos calculados na questão acima) requerida. Então será fácil, durante a instalação do DiGIR, traçar o esquema do OBIS. Por que você tem muitos campos para nomes de lugares que não se aplicam ao oceano (O condado, Estado, etc.)?Pois estes são campos do Darwin Core. Para ser compatível com o Darwin Core, o OBIS deve permitir que todos os campos do Darwin Core sejam incorporados. Mas lembre, estes são campos opcionais. Não os ponha em seu banco de dados se você não os necessitar – a maioria das séries de dados do OBIS não precisa. O OBIS opera fora das posições de latitude e longitude, as quais são as únicas informações requeridas para o local. O que você quer dizer com os termos "coletados" e "observados"?Os bancos de dados do OBIS matem informações sobre localidades onde diferentes espécies foram encontradas. O ato de encontrar uma espécie em um local é chamado de uma "coleta" ou uma "observação" dependendo da forma de documentação. Estes termos têm sido utilizados muito amplamente, e inclui casos onde as espécies foram literalmente vistas durante uma busca visual, ou foram coletadas de alguma forma (pesquisa, pesca etc.) ou então um espécime em um museu tem indicações de localização de onde foi obtido. Tipo de dados do Tipo de dados do esquema do OBISEsquema OBISO esquema indica o tipo de dados para cada campo. Estes são geralmente categorias, e seu programa de banco de dados particular pode usar termos diferentes. Onde há limitações adicionais colocadas no formato de dados, esta será indicada na Descrição. O esquema do OBIS pode acomodar catálogos de dados, ou múltiplos avistamentos de um simples indivíduo?Sim, o esquema do OBIS pode acomodar dados oriundos de múltiplas observações de um único organismo, bem como dados produzidos por estudos de catálogos. Para implementar isto, o usuário deve: 1) criar um registro em sua base de dados para o indivíduo e usar o Número de Catálogo como um identificador único para este indivíduo; e 2) cada observação para cada indivíduo deve ser colocada como um registro, em separado, no banco de dados e conectado ao individual. Assim, ajustando igual o campo de Item de Campo Relacionado do artigo do catálogo com o código da instituição, coleção, número de catálogo do registro individual e o tipo de campo de associação para pontuar a observação do animal etiquetado (veja a pagina de Recursos Técnicos para mais sobre os campos do esquema do OBIS). O que é metadado?Metadados são informações sobre registros de dados. Alguns metadados são incluídos no esquema de dados do OBIS e descreve características de registros individuais (ex. método de coleta). Outro "inicial" metadado descreve uma série de dados. O OBIS requer provedores de dados para prover metadados iniciais antes da publicação dos dados para permitir a comparação dos dados publicados com o que foi antecipado e para que seja alertado de como considera que a publicação dos dados irá contribuir com o OBIS. Uma citação básica é importante para permitir que os usuários citem a série de dados corretamente. Outro metadado, como informações sobre coleta, taxonomia, geografia e habitats permite ao OBIS identificar vazios de dados e características futuras de exploração dos dados, bem como um filtro que pode permitir aos usuários selecionar séries de dados com dados planctônicos. Os campos do metadado inicial do OBIS são: Nome da série de dados, Citação (assim os usuários dos dados podem citar a série de dados em um formato básico de autor (ou editores), título (descritivo), instituição hospedeira), Cobertura taxonômica, Cobertura geográfica, Cobertura temporal, Cobertura do habitat, Distribuição total dos registros, Número total de táxons, Método de coleta, Fonte dos dados, Resumo (descrevendo a série de dados), Contato científico (responsável pela coleção dos dados e precisão), Contato técnico (responsável pela gestão dos dados), Website, Data completa, Publicações oriundas destes dados (assim os usuários podem ler estes para mais detalhes sobre a origem dos dados e seus usos). Onde os padrões existem para metadados que estes campos sejam completados com os dados, mas nenhum padrão ainda existe para metadados taxonômicos, de habitats e de coleta. O OBIS está colaborando com iniciativas internacionais (incluindo o MEDI da IODE) para desenvolver padrões para metadados ecológicos marinhos que se unam no ISSO, FGDC, GCMD e outros. A colaboração entre o OBIS e a United States National Aeronautics and Space Administration (NASA) pelo Global Change Master Directory (GCMD) desenvolveu o Diretório Principal do OBIS no GCMD: http://gcmd.gsfc.nasa.gov/KeywordSearch/Home.do?Portal=OBIS&MetadataType=0 Os princípios de Banco e Servidor de Dados (Databasing e Data Serving)Como eu faço para começar a criação de um banco de dados?Inicialmente, imagine qual tipo de informação você tem ou planeja ter. Se você já tiver os bancos de dados, no formato eletrônico ou em papel, procure pelos dados que serão incluídos. Faça uma lista destes campos (ex. A coluna título em seu banco de dados). Assim vá através do esquema do OBIS. Se houver um ou mais campos no esquema do OBIS que cubram as informações que você gostaria de manter em seu banco de dados, use então esse nome de campo e o formato sugerido. Se houver um ou mais campos no esquema do OBIS que não se aplicam a seus dados, é justo deixarem estes fora. Se houver informações adicionais que você gostaria de manter em seu banco de dados e que não é coberta pelo esquema do OBIS, então você pode adicionar novos campos. Eu necessito usar um banco de dados relacional?Um banco de dados relacional é uma classe de software que permite a você manter os dados em tabelas conectadas. Você não precisa usar um banco de dados relacional, assim você pode manter suas informações em um "arquivo plano" como uma tabela do Excel. Entretanto, um banco de dados relacional oferece algumas vantagens. Primeiramente, isto permite que você entre com a informação mais facilmente. Por exemplo, você pode entrar com um nome científico uma vez em uma tabela de nomes. Posteriormente, para todos os registros ou observações que você tiver para esta espécie, você não precisará digitar o nome novamente, você pode apenas selecionar esta de uma lista de rolagem. Isto é mais rápido e você não irá se preocupar com a digitação e erros de grafia. Ainda sim, os bancos de dados relacionais podem ser questionados de formas mais complexas do que uma pasta plana. Por exemplo, você pode pedir por "todos os registros para a espécie X que foram coletadas ao norte de 30° Norte, mais raso que 300m, e entre 1980 e 1985." Uma nota nos arquivos de texto. Arquivos de texto delimitados são bons para o arquivamento dos dados (salvando de tal maneira que alguém alguns anos a frente provavelmente ainda seja capaz de capturar isto), mas não muito bom se você atualmente quiser fazer coisas com o banco de dados, como extrair determinado dado de interesse, atualizar ou disponibilizar este. Qual base de dados relacional eu devo usar, seu eu usar um banco de dados relacional?Muitos produtos estão disponíveis, e muitos são um pouco similares e tem funcionalidades parecidas, desta maneira isso não é uma decisão crítica. Microsoft Acess e Filemaker Pro são os pacotes de programas comerciais mais comuns. A Oracle e Sybase são bases de dados comuns da "força-industrial". Estas ferramentas são desenvolvidas para serem eficientes com grandes volumes de dados. Geralmente, se você espera um banco de dados com centenas de milhares de registros, você deve considerar uma base de dados industrial. Se você tem dezenas de milhares de registros ou menos, o Access ou Filemaker Pro podem ser bons. A importância disso é que os pacotes industriais tendem a custar mais e também são menos amigáveis com os usuários (a interface é menos auto - explicativa). Qual hardware/software eu preciso para prover dados através da Web, através do OBIS ou meu próprio Website?Se você quiser disponibilizar os dados para o OBIS, você irá precisar de um computador com um sistema operacional que tenha seu banco de dados, programa servidor, e o DiGIR instalado. Se você preferir estabelecer sua própria web page, você irá também precisar de um programa para criar a sua webpage e as funções de busca que os usuários terão acesso. HTML é a linguagem que os sites são feitos. Várias linguagens como Perl/CGI podem ser utilizadas para criar formas de busca para os usuários entrarem nos dados. Sendo que estes necessitarão incluir o SQL ou outros comandos que realmente procuram em sua base de dados. Programas como o Dreamweaver auxiliam para fazer a programação das webpages mais fáceis. Para aqueles em um orçamento, há algumas opções boas de programas livres. Linux é um sistema operacional livre, o Apache é um servidor, bem como o MySQL e o PostgreSQL (veja acima) são bases de dados relacional livres.
Última modificação por Edward Vanden Berghe em 11 de Abril de 2007. [Tradução -OBIS no Brasil 24 de setembro de 2007] |
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